هناك مصدران للموليبدينوم في البيئة

(1) تؤدي التجوية إلى إطلاق الموليبدينوم من الصخور. ويقدر أن 1,000 طن منه يدخل إلى المسطحات المائية والتربة كل عام ويهاجر عبر البيئة. التوزيع غير المتساوي للموليبدينوم يسبب "أمراض التربة والمياه" في بعض المناطق بسبب نقص الموليبدينوم، و"أمراض النقرس" (مثل أرمينيا) في بعض المناطق بسبب ارتفاع محتوى الموليبدينوم.
(2) أدى الاستخدام الأوسع للموليبدينوم في الأنشطة البشرية وحرق الوقود الأحفوري المحتوي على الموليبدينوم (مثل الفحم) إلى زيادة كمية الموليبدينوم المنتشرة في البيئة. يبلغ الإنتاج العالمي من الموليبدينوم 100,000 طن سنويًا، ويتم حرق 800 طن من الموليبدينوم وإطلاقه في البيئة كل عام. كمية الموليبدينوم المضافة إلى الدورة عن طريق الأنشطة البشرية تتجاوز الدورة الطبيعية. الصناعات التي تستخدم الموليبدينوم أكثر من غيرها هي المعادن والإلكترونيات والصواريخ والفضاء والطاقة الذرية والكيمياء والزراعة. لم تتم دراسة تلوث الموليبدينوم بما فيه الكفاية.

يرتبط نقل الموليبدينوم في البيئة بظروف الأكسدة والاختزال والحموضة والقلوية في البيئة وتأثير الوسائط الأخرى. كلما كانت المياه والتربة أكثر أكسدة وقلوية، كان من الأسهل على الموليبدينوم تكوين أيونات MoO؛ يمكن للنباتات تناول الموليبدينوم في هذه الحالة. تزداد حموضة البيئة أو تزداد قابلية الاختزال، ويتم تحويل الموليبدينوم بسهولة إلى أيونات معقدة، ويشكل في النهاية MoO؛ يتم إصلاح هذه الحالة من الموليبدينوم بسهولة عن طريق الطين وغرويات التربة وحمض الدبالية وتصبح غير نشطة ولا يمكن للنباتات امتصاصها. في المحيط، تتسبب البيئة المختزلة في أعماق البحار في امتصاص الموليبدينوم بواسطة المواد العضوية ومن ثم لفه في الغرويات التي تحتوي على المنغنيز، وتشكل في النهاية عقيدات تغوص في قاع البحر ويتم إزالتها من دورة المحيط الحيوي.
الموليبدينوم له تأثير منخفض على الحيوانات والأسماك ذوات الدم الحار. المستويات العالية من الموليبدينوم لها تأثير سلبي على النباتات، أظهرت الاختبارات أن: تركيز الموليبدينوم 0.5 ~ 100 ملجم/لتر عند نمو الكتان سيكون له درجات متفاوتة من التأثير؛ 10 ~ 20 ملغم/لتر عندما يكون لنمو فول الصويا تأثير ضار؛ 25 ~ 35 ملغم/لتر عندما يكون نمو القطن ضاراً بشكل بسيط؛ 40 ملغم/لتر عندما يكون لنمو بنجر السكر تأثير ضار. عندما يصل تركيز الموليبدينوم في الماء إلى 5 ملغم/لتر، سيتم تثبيط التنقية الذاتية للمياه؛ عندما يكون 10 ملغم/لتر، سيتم تثبيط هذا التأثير بشكل أكبر، ويكون للماء طعم قابض قوي؛ وعندما يصل تركيزه إلى 100 ملغم/لتر، يتباطأ النمو الميكروبي في الجسم المائي، ويصبح طعم الماء مريرًا. تنص الصين على أن الحد الأقصى المسموح به لتركيز الموليبدينوم في المياه الجوفية هو 0.5 ملغم/لتر، والحد الأقصى المسموح به لتركيز الموليبدينوم القابل للذوبان في هواء الورشة هو 4 ملغم/م3؛ والموليبدينوم غير القابل للذوبان هو 6 ملغم / م 3.